肠套叠分原发性肠套叠及继发性肠套叠两类。小儿肠套叠几乎全为原发性，约占95%以上。婴幼儿是需要加辅食的年龄，肠蠕动规律处于较大的变化时期，易发生肠道蠕动紊乱所致。引起肠蠕动不协调的因素很多，如肠炎、腹泻，饮食制度的改变及高热等。这可从患儿发病前往往都有腹泻或改变饮食的事实中得到证实。部分学者还认为小儿肠套叠与病毒感染有关，由于病毒所致的炎症反应引起肠蠕动紊乱，导致肠套叠。也有人认为婴儿回盲部系膜固定未完善，回盲部游动度过大是引起肠套叠的原因。约2%一5%的患儿为继发性肠套叠，是由于肠息肉、肿瘤、肠壁血肿、腹部紫癜或回肠远端憩室翻入等牵引肠壁为起点引起肠套叠。